El Comité Directivo Nacional (CDN)  es un espacio de coordinación y gestión entre las organizaciones representativa de los pueblos indígenas con la finalidad de canalizar las donaciones del MDE Saweto Perú. El objetivo del CDN es coordinar, evaluar, aprobar, monitorear y sistematizar las iniciativas de subproyectos a ser ejecutados por las organizaciones / federaciones de los pueblos indígenas.

El CDN está integrado por 5 representantes de AIDESEP y 5 representantes de CONAP, el cual constituye el órgano de gobierno del MDE y como tal aprueba la ejecución de los subproyectos, como también tiene la responsabilidad directa de definir las políticas de gestión del MDE.